[TOC]

ase-gui

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# 两种方法 POSCAR 与 cif 互转
ase-gui CU.cif -o Cu.poscar
ase convert Cu.cif  Cu.poscar
# 快速打开neb中的images
ase-gui 0*/POSCAR

文件批处理

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#!/bin/env bash
FILENAMELIST=$@
for file in $FILENAMELIST
    do
       cd $file
            cp POSCAR old_POSCAR
            sed -i '$a    6.8920794341203466  8.2498237913018961 10.6854462174986473' POSCAR   
            # POSCAR 最后一行后添加新行‘6.8920794341203466  8.2498237913018961 10.6854462174986473’
            # sed -i 's/\.$/\!/g'  #.结尾的，换成！结尾 
            sed -i '/In/s/$/  H/' POSCAR  # 行中有 In的 末尾插入 H
        #	sed -i '/32/s/$/ 1/' POSCAR # 行中有 32的 末尾插入 1
            sed -i '6s/$/ 1/' POSCAR       # 第六行末尾插入 1
            sed -i '/NPAR/d' INCAR   # 行中有NPAR 则删除 该行
		cd ../
    done

文件对比

vimdiff 等同于 vim -d命令，即vim编辑器的diff模式。

该命令后面通常会接两个或多个文件名作为参数，这些文件会同时在 Vim 编辑器的分割窗口中打开，并高亮显示文件中内容有差异的部分。它的中文主页是：http://vimcdoc.sourceforge.net/doc/diff.html

.poscar文件单原子替换实例

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#!/bin/env bash
FILENAMELIST=$@
for file in $FILENAMELIST
    do
        #cd $file
		b='.'
		TEMPFILE=(${file%$b*})	
		ELMENTS=(Ti V Zr_sv Cr_pv Ru Os Co Rh Ir Cu_pv Cd_pv Al Ga)
		for elments in ${ELMENTS[@]} 
			do 
				echo ${elments}	
				mkdir $TEMPFILE-${elments}
				cd $TEMPFILE-${elments}
				cp ../$file ./POSCAR
				#cp ../$file ./  
				#ase-gui $file -o POSCAR  # ase convert $file POSCAR
				sed -i 's/Pd/'"${elments}"'/g' POSCAR
				#getmypbe 
				cp /home/zhouzm/Documents/SAA-In2O3/c110/ov4/hcoo-saa/KPOINTS ./
				cp /home/zhouzm/Documents/SAA-In2O3/c110/ov4/hcoo-saa/INCAR ./
				sed -i '/NPAR/d' INCAR   # 行中有NPAR 则删除 该行
				cd ../
			done
    done

cif 文件快速转POSCAR，无固定

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#!/bin/env bash
FILENAMELIST=$@
for file in $FILENAMELIST
    do
        #cd $file
		b='.'    # 以点作为分隔符截断，前面的作为文件夹名称
		TEMPFILE=(${file%$b*})	
		mkdir $TEMPFILE
		cd $TEMPFILE 
		echo $TEMPFILE
		mv ../$file ./  # 把cif 文件copy 到 当前文件夹，省的乱
		ase-gui $file -o POSCAR  # ase convert $file POSCAR
		cp /home/zhouzm/Documents/In2O3/C110/ov3-co/KPOINTS ./
		cp /home/zhouzm/Documents/In2O3/C110/ov3-co/INCAR ./
		cd ../
	done

命令重命名

~/.bashrc文件后添加：

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alias ....='cd ../../../.. && ls'
alias ...='cd ../../../ && ls'
alias ..='cd ../../ && ls'
alias neb5Poscar='ase-gui 00/POSCAR 01/POSCAR 02/POSCAR 03/POSCAR 04/POSCAR 05/POSCAR 06/POSCAR'
alias neb5contcar='ase-gui 01/CONTCAR 02/CONTCAR 03/CONTCAR 04/CONTCAR 05/CONTCAR'
alias neb8Poscar='ase-gui 00/POSCAR 01/POSCAR 02/POSCAR 03/POSCAR 04/POSCAR 05/POSCAR 06/POSCAR 07/POSCAR 08/POSCAR 09/POSCAR'
alias neb8contcar='ase-gui 01/CONTCAR 02/CONTCAR 03/CONTCAR 04/CONTCAR 05/CONTCAR 06/CONTCAR 07/CONTCAR 08/CONTCAR'

vim显示行号

有root 权限直接修改/etc/vimrc就行，没有root 权限按照下面方式

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cp /etc/vimrc   ~/.vimrc
#在最后一行加上
set nu
# 在vi中，暂时隐藏行号
:set nonu

输出频率：

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grep 'f  =' OUTCAR | awk '{print $6}' | paste -sd,
#输出 频率 按逗号分隔，如： 1,2,3,3。。。。没有虚频信息
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sleep 2  # 2 second
time sleep 2 #  
enable
compgen -k
# .bash_profile isread when bashis invoked as a login shell 
# .bashrc is executed when a new shell is started
if you extend an exported variable, like PATH in .bashrc,it will grow with each nested shell invocation.

PATH=$PATH:/usr/local/bin
$ add export xyz=$xyz:verygood  in .bashrc file
$ bash
$ echo xyz # verygood 
$bash 
$ echo xyz # verygoodverygood